As expedições exploradoras vieram ao Brasil apenas para fazer o reconhecimento da nova terra e descobrir suas riquezas e potencialidades. Possuíam caráter misto, combinando interesses de particulares com os da Coroa, isto é, eram oficiais e compostas de importantes mercadores.
A primeira das expedições, chefiada por Gaspar de Lemos, chegou ao Brasil em 1501. Percorreu todo o litoral, dando nomes a alguns locais de acordo com o calendário e santos do dia, como cabo de São Roque (em 16 de agosto de 1501), rio São Francisco (4 de outubro de 1501), baía de Todos os Santos (1º de novembro de 1501), Rio de Janeiro (1º de janeiro de 1502), Angra dos Reis (6 de janeiro de 1502), ilha de São Sebastião (20 de janeiro de 1502), porto de São Vicente (22 de janeiro de 1502), entre outros. Essa expedição confirmou a existência, em todo o litoral brasileiro, de pau-brasil, madeira já conhecida na Europa e usada para tingir tecidos
Em 1503, nova expedição veio ao Brasil, chefiada por Gonçalo Coelho, que buscava encontrar novas riquezas e carregar seus navios com pau-brasil. Fundou os primeiros postos de depósitos de pau-brasil e de trocas com os índios — chamados feitorias — na região de Cabo Frio e Rio de Janeiro.
Até a descoberta de sua existência nas costas brasileiras, o pau-brasil era proveniente das Índias. Confirmada a grande quantidade dessa madeira no Brasil, a Coroa portuguesa tratou de assegurar para si o controle total, ou seja, o monopólio de sua exploração, do qual os particulares só poderiam participar com permissão real. Em 1502, o rei D. Manuel arrendou a exploração daquela madeira a alguns comerciantes de Lisboa, liderados por Fernão de Noronha, que se comprometiam a explorar a costa, construir feitorias fortificadas e pagar uma parte do lucro obtido ao governo. A Coroa buscava intensificar o comércio, garantir seus domínios coloniais e, sem nada gastar, obter uma parcela dos lucros.
Para a extração da madeira, estabeleceu-se entre índios e portugueses o escambo, relação em que os índios cortavam as árvores e carregavam a madeira para a feitoria, recebendo em troca do trabalho objetos vistosos e desconhecidos para eles mas sem valor para os portugueses, como pentes, espelhos, facas e machados.
As facilidades e a rentabilidade da exploração do pau-brasil passaram a interessar a outros países, particularmente à França, até então fora das conquistas coloniais por razões de política interna. Franceses, ingleses e, mais tarde, holandeses procuraram compensar a entrada tardia na corrida colonial por meio de atos de pirataria, invasões e contrabando. Os piratas, na verdade, eram corsários, ou seja, agiam com o patrocínio de seus governos, tornando essas atividades assunto de Estado.
Apesar dos protestos de D. Manuel ao rei da França, Francisco I, a presença francesa nas costas brasileiras crescia e colocava em risco o domínio português sobre a colônia. Isso obrigou o governo luso a organizar expedições militares para expulsar os corsários franceses do Brasil, chamadas expedições guarda-costeiras.
As duas primeiras expedições guarda-costeiras, ambas comandadas por Cristóvão Jacques, foram enviadas em 1516 e 1526. Contudo, devido à grande extensão da costa brasileira, o esquema de policiamento foi ineficiente. Alguns navios inimigos chegaram a ser aprisionados, mas muitos outros escapavam ao cerco, tornando evidente a impossibilidade de controlar todo o litoral.
Diante dessas ameaças à posse das terras brasileiras e das crescentes dificuldades com o comércio oriental, devido à concorrência, à distância, aos custos e à pirataria, o rei de Portugal, D. João III, decidiu dar início a uma nova política em relação à sua colônia na América. Colonos fixados à terra, povoados e fortificações espalhados pela costa dariam maior segurança e garantia à posse portuguesa. Assim, decidiu iniciar a colonização efetiva do Brasil, organizando a primeira expedição colonizadora, liderada por Martim Afonso de Souza.
O início da colonização
Buscando a fixação do português em solo brasileiro e a intensificação da exploração colonial, Martim Afonso de Souza, que também intencionava procurar ouro, trouxe soldados, com a função de expulsar estrangeiros, e colonos com sementes e ferramentas agrícolas, para garantir o início do povoamento.
Martim Afonso, na função de guarda-costeiro, aprisionou várias embarcações francesas. Como explorador, chegou ao Sul, até a foz do rio da Prata, além de organizar várias expedições que penetraram pelo interior da colônia. Como colonizador, fez uso de seu poder de distribuir lotes de terra — as sesmarias — aos novos habitantes, além de dar início à plantação da cana-de-açúcar, construindo, inclusive, o primeiro engenho da colônia, chamado Engenho do Governador. Com as sesmarias nascia o sistema agrário brasileiro fundado nas grandes propriedades de terras. Completando o início de uma nova política colonial, Martim Afonso fundou, ainda, o primeiro povoamento do Brasil, a vila de São Vicente, situada no atual estado de São Paulo. Suas realizações encerraram o período pré-colonial. Martim Afonso retornou a Portugal em 1533
Enquanto Portugal reformulava sua política para com o Brasil, buscando uma ocupação efetiva do litoral, os espanhóis consolidavam sua conquista na América, destruindo civilizações bastante sofisticadas, como a dos astecas, no atual México, a dos maias, na América Central, e a dos incas, no atual
Peru. A conquista espanhola foi seguida pela descoberta de ricas áreas mineradoras de ouro e prata, o que veio valorizar ainda mais o novo continente. As riquezas conhecidas e as que havia por descobrir faziam da América um "eldorado" promissor para o desenvolvimento capitalista europeu.